時は昭和40年代。世間は人類初の月面着陸の成功や新幹線開通、イザナギ景気に沸き返り、誰もが明るい未来を信じて疑っていなかった…。だが、世界各地で怪事件や大事故、紛争が多発し始めていた。これらは全て、謎の組織・インベーダーの手によって引き起こされていた。普段は、通常の人間と変わらず一般社会に溶け込んでいるが、ある特定の電波を受けるとその姿を現すのだ。この未知の敵から地球を守るため、国連は秘密裏に地球防衛機構・イージス(AlienExterminating Global Intercept System = A.E.G.I.S.)を結成した。イージスには、「ゲート」を開き、巨大なエネルギーを召還する者達が集められ、特殊遊撃隊としてインベーダーの魔の手に対抗していた。「ゲート」とは、誰も見ることのない異空間と通じる門であり、その門を自らの意志で開き、なおかつ制御出来る者を“ゲートキーパー”と称されているのである。そして、一人の高校生・浮矢瞬が「ゲート」の力を見出された時、新たな戦いの幕が開ける…!